import java.io.*;
import java.util.ArrayList;

public class remove {
    public static void main(String[] args) {
        try (BufferedReader bufferedReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in))) {
            String file = "D:\\text.txt";// bufferedReader.readLine();
            bufferedReader.close();
            ArrayList<String> list = new ArrayList<>();
            try (BufferedReader fileReader = new BufferedReader(new FileReader(file))) {
                while (fileReader.ready()) {
                    String line = fileReader.readLine();
                    if (!line.contains("параметр=") && line.contains("параметр")) {
                        String arg[] = line.split("=");
                        list.add(arg[0] + "=");
                    } else  //if(line.contains("параметр1=")||line.contains("параметр2=" )||line.contains("параметр3=" ))
                    {
                        list.add(line);
                    }
                }
            }
            try (BufferedWriter fileWriter = new BufferedWriter(new FileWriter(file))) {
                for (String s : list) {
                    fileWriter.write(s);
                    fileWriter.newLine();
                }
            }
        } catch (IOException e) {
            System.out.println("Что-то с именем файла");
        }

    }
}

файл с тестом
параметр=kn;ljlфывфывфывфы
параметр1=ываываыва
параметр3=фвфывфывфыв
параметр4=ываываываыва
параметр=1ываываыа

При запуски идеи все хорошо выдает:

параметр=kn;ljlфывфывфывфы
параметр1=
параметр3=
параметр4=
параметр=1ываываыа

А вот если сохранить в .jar формат выдает:
параметр=
параметр1=
параметр3=
параметр4=
параметр=

Вопрос, что делаю не так.
P/S это не по задачам javarush, просто хотела написать небольшую утилиту себе в помощь по работе, но вот бяда мои знания пока не достаточно широки чтобы реализовать jar фотмат в номальной кодировки. Как я понимаю дело в кодировке if(line.contains(«параметр=»)) list.add(line); потму как вот сюда не заходит. Сам файл сохранен в блокноте с кодировкой utf-8.